办公室（对外合作交流处）
主要职责：负责机关政务工作；负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担政务信息、统计、信访、议案、建议、提案、保密、政府信息公开、安全保卫等工作；承担重要事项的组织和督查工作；组织开展食品药品监督管理的对外交流与合作。
办公电话：010-83979401
 
综合协调处（研究室）
主要职责：承担市食品药品安全委员会办公室日常工作，指导区县食品药品安全委员会及其办公室开展相关工作；承担本市食品药品安全重大问题的调查研究工作，开展安全形势分析，并提出相关政策建议；研究拟订食品药品安全规划、计划和食品药品监督管理政策、措施；负责综合性文稿的起草工作。
办公电话：010-83979569
 
法制处
主要职责：负责本系统推进依法行政综合工作；起草本市食品药品监督管理的地方性法规草案、政府规章草案；组织拟订食品药品监督管理稽查制度；负责行政执法工作的监督；承担行政复议、行政应诉的有关工作；负责机关行政规范性文件的合法性审核及有关备案工作；承担本市食品药品安全重大问题的调查研究工作，开展安全形势分析，并提出相关政策建议；研究拟订食品药品安全规划、计划和食品药品监督管理政策、措施；负责综合性文稿的起草工作。
办公电话：010-83979473
 
食品生产监管处
主要职责：负责本市食品的生产许可管理工作；负责生产环节食品质量安全监督管理工作，组织协调对生产环节食品安全违法案件的查处工作；负责问题食品召回管理工作。
办公电话：010-83979626
 
食品流通监管处
主要职责：负责本市食品的流通许可管理工作；负责食品贸易商、食杂店、商场超市、便利店等流通环节食品安全监督管理工作，组织协调对流通环节食品安全违法案件的查处工作。
办公电话：010-83979417、010-83979386
 
食品市场监管处
主要职责：负责本市以食品集中交易市场、食品物流配送等业态方式经营食品，以及庙会、游园会、展销会等场所内经营食品的安全监督管理工作；依法负责利用自动售货设备、互联网、邮购、电视电话购物等无店铺方式经营食品的安全监督管理工作；组织协调对上述领域食品安全违法案件的查处工作。
办公电话：010-83979561
 
餐饮服务监管处
主要职责：负责本市餐饮服务许可管理工作；负责以餐馆、快餐店、小吃店、饮品店(甜品店)、食堂、集体用餐配送单位、中央厨房、乡村民俗旅游户、夜市餐饮服务、餐饮具清洗消毒服务等业态方式经营食品的安全监督管理工作；组织协调对餐饮服务环节食品安全违法案件的查处工作；组织大型活动餐饮服务食品安全保障工作。
   办公电话：010-83979536
 
药品注册处
主要职责：负责组织实施国家药品标准，监督实施药物非临床研究、药物临床试验质量管理规范；组织拟订医疗机构制剂规程和中药饮片炮制规范，并组织实施；负责药品、直接接触药品的包装材料和容器、药用辅料、中药保护品种、处方药与非处方药转换的注册申请的审核工作；负责药品再注册以及不改变药品内在质量的补充申请、医疗机构制剂和已有国家标准药用辅料的注册申请的审批工作；负责医疗机构制剂调剂的管理；审查药品进口通关备案；组织协调对药品注册环节违法案件的查处工作。
办公电话：010-83979465
 
药品生产监管处
主要职责：负责本市药品生产、药品委托生产、医疗机构制剂配制许可及生产质量管理规范认证，并监督实施；依法承担放射性药品、麻醉药品、医疗用毒性药品、精神药品、药品类易制毒化学品(以下简称特殊管理药品)的监督管理工作；组织开展药品不良反应监测；负责药品再评价和淘汰药品的初审工作；组织协调对药品生产环节和涉及特殊管理药品的违法案件的查处工作。
办公电话：010-83979503
 
医疗器械注册和监管处
主要职责：组织实施医疗器械标准和分类管理制度；负责本市第一、二类医疗器械产品注册申请和国产第三类医疗器械不改变产品内在质量变更申请的审批工作，监督实施医疗器械临床试验管理规范；负责医疗器械生产许可，监督实施生产质量管理规范；负责对医疗机构采购、储存、使用医疗器械进行质量监督；组织开展医疗器械不良事件监测及再评价相关工作；组织协调对医疗器械注册、生产、使用环节违法案件的查处工作。
办公电话：010-83979525
 
药品、医疗器械市场监管处（广告审批处）
主要职责：负责本市药品批发经营、互联网药品信息服务、互联网药品和医疗器械交易服务的许可及监督管理；负责药品零售经营、医疗器械经营许可管理工作；组织并监督实施药品、医疗器械经营质量管理规范认证；组织实施药品分类管理和医疗器械经营企业分类管理制度；负责医疗机构使用药品的质量监督；负责问题药品、医疗器械产品召回管理工作；组织协调对药品、医疗器械经营环节违法案件的查处工作；负责药品、医疗器械、保健食品广告的审批及监督管理。
办公电话：010-83979515
 
保健食品和化妆品注册和监管处
主要职责：负责本市国产保健食品、特殊用途化妆品注册申请的审核工作；负责非特殊用途化妆品(含进口)的备案工作；负责保健食品、化妆品生产许可及监督管理；负责保健食品经营许可管理和化妆品经营监督管理；组织开展化妆品不良反应监测；负责保健食品、化妆品召回管理工作；组织协调对保健食品、化妆品生产、经营环节违法案件的查处工作。
办公电话：010-83978546
 
应急管理处
主要职责：负责本市食品药品安全应急体系和能力建设；组织编制本市食品药品安全应急预案并开展演练；组织开展食品药品安全突发事件处置和应急救援工作；组织食品药品安全事故的调查处理工作；指导协调各区县食品药品安全应急管理工作；负责医药物资储备管理、应急调用协调等工作。
办公电话：010-83979583
 
风险监测处
主要职责：负责本市食品药品安全统计工作；分析预测食品药品安全总体状况，组织开展食品药品安全风险评估、预警和风险交流；拟订食品药品和直接接触药品的包装材料和容器的质量安全风险监测抽检计划，并组织实施，发布质量安全公告；拟订本市重点监督管理的食品和食用农产品名录。
办公电话：010-83978745
 
科技和标准处（信息管理处）
主要职责：负责拟订本系统科技发展规划、信息化工作规划及年度计划，并组织实施；组织食品药品监督管理重大科技项目的实施工作；参与食品安全标准制定 修订工作；推动食品药品检验检测体系、电子监管追溯体系建设；负责食品药品安全专家学者的日常联络；组织协调食品药品监督管理重大信息工程项目的建设；负 责食品药品安全信用信息平台、电子监管追溯信息平台、应急指挥信息平台的建设、运行维护和信息数据归集、发布、管理工作；负责机关电子政务工作
办公电话：010-83979630
 
新闻宣传处
主要职责：负责本市食品药品安全新闻宣传，开展舆情监测及应对处置工作；实施食品安全信息统一发布制度，公布重大食品药品安全信息；承担食品药品安全科普宣传工作。
办公电话：010-83979613
 
人事教育处（离退休干部处）
主要职责：负责本系统的干部人事、机构编制、队伍建设、教育培训等工作；负责机关离退休干部工作，指导直属单位离退休干部工作；执行执业药师资格准入制度，组织实施执业药师注册工作；组织建立食品安全生产经营单位主要负责人培训考核制度，组织开展对食品安全管理员的培训。
办公电话：010-83979481
 
财务处（审计处）
主要职责：负责编报部门预决算和管理资金的使用；负责本系统财务、固定资产、执法装备的管理；组织实施内部审计；承担行政事业性收费的监督管理工作。
办公电话：010-83979497
 
机关党委（基层工作处）
主要职责：负责机关及直属单位的党群工作；负责本系统基层建设工作；负责本系统思想政治工作和精神文明建设工作；组织拟订本系统绩效管理考核制度，并组织实施。
办公电话：010-83979581